Tổng thống Johnson tăng cường tập trung vào cố gắng của quân đội Mỹ ở Việt Nam. Ông tin chắc chắn rằng chính sách Kiềm chế đòi hỏi Hoa Kỳ phải có một sự cố gắng đáng kể trong việc chặn đứng sự bành trướng của chủ nghĩa cộng sản. Vào lúc Kennedy qua đời, có khoảng 16.000 cố vấn Hoa Kỳ ở Việt Nam. Johnson đã tăng cường số lượng đó và mở rộng vai trò của họ sau sự kiện Vịnh Bắc Bộ (khoảng 3 tuần sau khi Hội nghị của Đảng Cộng hòa năm 1964 đề cử Barry Goldwater tranh cử Tổng thống).

Ông đã gia tăng nỗ lực chiến tranh liên tục từ 1964 đến 1968. Số lượng tử trận của binh sĩ Hoa Kỳ cũng tăng lên. Trong hai tuần tháng 5 năm 1968, số lượng đó là 1.800 với tổng cộng thương vong là 18.000. Viện dẫn thuyết Domino ông nói: "Nếu chúng ta cho phép Việt Nam thất thủ, ngày mai chúng ta sẽ chiến đấu ở Hawaii, tuần tới ở San Francisco."[cần dẫn nguồn]

Johnson sợ rằng quá nhiều tập trung vào Việt Nam sẽ làm ông mất chú ý các chính sách Xã hội Lớn (Great Society) của ông. Nhưng sau Sự kiện Tết Mậu Thân, nhiệm kì Tổng thống của ông đã bị chiếm hết bởi Chiến tranh Việt Nam hơn lúc nào hết. Vì có nhiều binh sĩ Hoa Kỳ tử trận, sự tín nhiệm của Johnson xuống dốc. Sinh viên đại học và những người khác tổ chức phản đối, đốt thẻ quân dịch và hô lên những khẩu hiệu như là, "Hey, hey, LBJ, bao nhiêu đứa trẻ đã bị ông giết trong ngày hôm nay?" Vào năm cuối của nhiệm kì, Johnson không thể đi đến bất cứ một nơi nào mà không bị phản đối.

Sau đó trong một bài diễn văn cuối tháng 3, ông chấn động cả nước khi tuyên bố sẽ không tái tranh cử: "Tôi sẽ không tìm cách, và sẽ không chấp nhận sự đề cử của Đảng tôi cho nhiệm kì Tổng thống kế tiếp", chỉ vài ngày sau khi trưng cầu dân ý cho thấy chỉ có 29% dân Mỹ ủng hộ chiến tranh. Cũng trong cái gọi là sự ngạc nhiên tháng 10, Johnson tuyên bố với nước Mỹ rằng vào ngày 31 tháng 10 năm 1968 rằng ông đã ra lệnh hoàn toàn ngừng các cuộc oanh tạc trên không, trên biển và đại pháo vào Bắc Việt Nam, hiệu lực từ ngày 1 tháng 11 nếu chính quyền Hà Nội sẵn sàng thương lượng và dẫn chứng những tiến bộ trong quá trình đàm phán hòa bình ở Paris.

Johnson đã không bị loại trừ cho việc tranh cử cho nhiệm kì thứ hai dưới điều khoản của Tu chính án 22 vì ông phục vụ ít hơn 24 tháng trong nhiệm kì của Kennedy. Nếu như ông ở lại tranh cử và thắng năm 1968, ông có lẽ đã là Tổng thống phục vụ lâu nhất kể từ sau Franklin D. Roosevelt.